농림축산식품부는 농업재해보험 제도를 시행함에 있어 손해평가에 대한 신뢰 확보는 물론, 재해발생 시 신속·정확하고 전문적인 손해평가를 위해 손해평가사 자격제도를 도입했다. 손해평가사는 농어업재해보험법에 따라 농작물재해보험에 관한 피해사실의 확인, 보험가액 및 손해액의 평가 등을 담당한다. 손해평가인 또는 손해사정사의 보조인이 아니다. 또한 농작물재해보험의 사업자인 NH농협손해보험은 태풍, 동상해 등 농작물 피해 발생 때 손해사정법인이나 손해평가사가 가입된 한국농어업재해보험협회, 한국손해평가사협회 비영리단체 등에 손해평가 업무를 위탁하고 있다. 

자격증 시험은 산업인력공단에서 시행하며 자격증 신청 및 발급업무는 농업정책보험금융원에서 담당한다. 손해평가사 시험의 응시자격에는 제한이 없으나 부정한 방법으로 시험에 응시하거나 시험에서 부정한 행위를 해 시험의 정지 및 무효 처분이 있은 날 부터 2년이 지나지 아니하거나, 손해평가사의 자격이 취소된 날부터 2년이 지나지 아니한 자는 응시할 수 없다. 손해평가사 시험은 1차와 2차로 실시가 된다. 1차 손해평가사 시험은 객관식 4지선다형으로 실시된다. 시험 과목은 '「상법」 보험편, 농어업재해보험법령, 농학개론 중 재배학 및 원예작물학' 으로 과목마다 25문항이 출제된다. 매 과목 100점을 만점으로 하여 과목당 40점 이상을 받고 전 과목의 평균 점수가 60점 이상이 되면 1차에 합격하게 된다. 2차 시험은 주관식으로 '농작물재해보험 및 가축재해보험의 이론과 실무, 농작물재해보험 및 가축재해보험 손해평가의 이론과 실무' 2과목이며 과목마다 10문항씩 출제가 된다. 단답형 및 서술형 문항으로 과목당 100점을 만점으로 하여 매 과목 40점 이상, 전 과목 평균이 60점 이상 되어야 합격하게 된다.